1、因不含硫酸根和羧基，几乎消除了琼脂的电渗。
2、对蛋白质吸附极微，故无拖尾现象。
凝胶结构均匀，孔径较大，可用来分离酶的复合物、核酸、病毒等大分子物质。
4、透明度较好，可直接或干燥成薄膜后进行染色。
5、不吸收紫外光，可直接利用紫外光吸收法作定量测定。
样品易回收，常用于制备。
琼脂糖凝胶电泳的缺点：
1、机械强度差，易破碎，浓度不能太低。
易被细菌污染，不易保存，临用前配制。
琼脂糖支持层上的区带易于扩散，电泳后必须立即固定染色。
4、与PAGE相比，分子筛作用小，区带少。
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